但是人们对很少有人对进水器的关键部件“滤芯”有很深的认识，也导致了很多消费者因不知道净化原理而误选不合适的净水器。下面简单介绍一下目前常用的两种净水器滤芯：RO反渗透膜和活性炭滤芯。
RO反渗透膜是利用逆向渗透原理将水与杂质进行分离，我们知道当浓度不同的两种溶液处在膜的两侧时，浓度低的一侧的水会自动流向浓度高的一侧（而杂质被膜隔住不能流过去），最终是两侧的浓度达到平衡状态，但是一旦在浓度高的一侧加上足够的压力，则浓度高的一侧中的水就会向低浓度的一侧流动，持续加大压力，水就会持续反流，最终将水与水中的杂质分离。RO的孔径约为0.0001微米，高质量的Ro膜理论上上可以将水中的几乎全部杂质进行去除，包括细菌和病毒，但也正是RO膜的这一特点使得该滤芯用于自来水净化时出现了很多弊端，严重的甚至会对人体造成健康危害。
弊端一：存在二次污染。由于RO反渗透膜采用的逆向渗透原理，因此在净化过程中会产生不少废水，废水的产生不仅使自来水的利用率大大降低，而且处理起来也相当棘手，直接倒掉觉得可惜，用来洗衣服洗菜也不健康，因为被隔离的细菌病毒以及有害有机和无机物都在废水中，利用价值极低，因此，RO反渗透膜净水器无法解决的废水问题令人头痛。
弊端二：RO膜需定期清洗。RO膜清洗频率高，清洗难度大成为了RO反渗透膜净水器无法解决的又一大难题。由于RO膜孔径过细，水中的杂质几乎都被隔离在膜的一侧，这样就很容易导致膜的堵塞，且长时间运行会有大量水垢产生并沉在膜的表面，若不及时清除，不仅会对膜本身造成损失，导致寿命缩短，而且随着膜的损失加大，过滤的水质也无法保证。一般高质量的进口RO膜需3—4个月清洗一次，而市场上的国产RO膜1个月就需要清洗一次，给消费者带来了极大地不便，不仅如此，清洗的专业性和难度也令人叹服！由于污垢的种类繁多（常见的又碳酸钙垢、硫酸钙垢、二氧化硅、胶体沉积物、自然或合成有机物或无机物、生物污泥、细菌、病毒等），根据污垢种类的不同，需要选择不同的化学药品和正确的清洗方法才能将其清除，清洗时，一般建议与RO膜组件制造商和RO系统专用药品制造商联系，辨明污垢种类后，用一种或几种药品进行清洗，这些都极大地增加了消费者的使用难度。
弊端三：过滤的水过于干净，长期饮用存在健康风险。由于Ro膜的孔径仅有万分之一微米，因此几乎可以将自来水中的全部物质去除，得到的水是不含任何微量元素（包括很多有益矿物质）的纯水（类似蒸馏水），由于水中不少有益矿物质对人体健康意义重大，且长期的饮水习惯，使得人体的体液特征与与这些微量元素保持供需平衡状态，一旦人体长期饮用这种不含任何微量元素的纯水，会使人体因体液失去平衡而对健康造成潜在重大危害。
弊端四：滤芯较多，后期维护成本高。目前市场上常见的RO反渗透膜净水器都含有3个或3个以上的滤芯，使得不仅净水器本身的价格偏高，而且后期清洗、更换滤芯的成本也随之攀升，很多国产RO膜净水器滤芯质量较差，动则采用4到5个滤芯，而且售价不算太高，其实商家着眼的是后期滤芯的更换收益。